【文獻導讀】通過蛋白質組學和轉錄組學反應深入了解單核細胞增生李斯特菌在富集培養期間的滯后期
發布時間：
2025-04-22
論文ID
原題: Insight in lag phase of Listeria monocytogenes during enrichment through proteomic and transcriptomic responses
譯名：通過蛋白質組學和轉錄組學反應深入了解單核細胞增生李斯特菌在富集培養期間的滯后期
01
摘要
本研究通過轉錄組學和蛋白質組學分析食源性病原菌單核細胞增生李斯特菌在富集培養滯后期的生理過程。發現細胞從BHI培養的靜止期轉移至half-Fraser enrichment broth（HFB） 后，運動相關基因和蛋白下調，金屬攝取轉運蛋白、復蘇促進因子、抗生素外排泵和氧化應激蛋白表達上調。熱應激細胞在 HFB 中上調 DNA 損傷修復、蛋白重折疊、細胞壁修復和鋅轉運相關蛋白。添加 10μM 鋅和補充含復蘇促進因子的spent HFB 雖對滯后期有顯著輕微影響，但未達生物學相關的縮短效果，且 HFB 不缺關鍵底物。研究揭示滯后期蛋白組變化，表明補充 HFB 非優化富集方法的最佳策略，為優化富集方法提供新見解。
02
前言
單核細胞增生李斯特菌是重要食源性病原菌，其檢測中富集培養階段至關重要。食品加工中細菌可能因應激受損導致富集滯后期延長（即細菌適應新環境的停滯階段），影響檢測效率。目前滯后期生理機制未被充分理解，本研究以 EGDe 株為對象，結合轉錄組學與蛋白質組學，解析非應激與熱應激細菌在 HFB 中滯后期的分子機制，為提升檢測效率提供理論依據。
03
材料與方法
1. 實驗菌株與培養條件
? 菌株：單核細胞增生李斯特菌 EGDe 株，在 BHI 培養基中 30℃、180rpm 培養 16h 至靜止期。
? 應激處理：熱應激組經 60℃水浴處理 1.6min，參考組為非應激細胞。
? 富集培養基：含萘啶酮酸的半 Fraser 肉湯（HFB），接種量分高濃度（7.7-8.2logCFU/ml）和低濃度（2logCFU/ml）。
2. 蛋白質組學分析
? 取樣：參考細胞于 0、10min、30min、2h 取樣；熱應激細胞于 0、30min、2h、4h、7h 取樣。
? 分析：SDS-PAGE 分離蛋白，LC-MS/MS 鑒定差異蛋白（p<0.05，|log?FC|>2），進行 COG 功能分類及 KEGG 通路富集分析。
3. 代謝物檢測
? HPLC 分析：監測 HFB 中碳水化合物、氨基酸、代謝產物濃度變化（0-24h），分析底物消耗動力學及厭氧代謝產物積累。
4. 功能驗證實驗
? 金屬離子效應：在 HFB 中添加 Zn2?、Co2?、Cu2?等，測定達到特定 OD 值的時間（TTR），評估對滯后期的影響。
? 廢培養基補充：收集含復蘇促進因子（RPF）的無菌上清液，按比例混合新鮮 HFB，擬合生長曲線，模擬極低菌量富集效率。
5. 數據統計與建模
? 生長動力學：用 Baranyi 模型擬合滯后期和指數生長期參數，分析顯著性差異（p<0.05）。
? 生物信息學：構建蛋白互作網絡，注釋未鑒定蛋白，驗證功能模塊關聯性。
04
結果
3.1 高接種量下的滯后期
為解析單核細胞增生李斯特菌在 HFB 中的滯后期分子機制，將 EGDe 菌株在 BHI 中 30℃、180rpm 培養 16h 至靜止期，按高接種量（參考細胞 8.2 log CFU/ml、熱應激細胞 7.7 log CFU/ml，60℃處理 1.6min）接種至 HFB。
通過 Baranyi 模型分析顯示，熱應激細胞滯后期隨接種量升高而縮短（如 7.5 log CFU/ml 組滯后期短于 2 log CFU/ml 組）。
基于此差異，參考細胞于 0、10min、30min 及 2h（滯后期結束）取樣，熱應激細胞于 0、30min、2h、4h 及 7h（覆蓋滯后期全程及向指數期過渡階段）取樣，為組學分析提供時間序列樣本。
3.2 滯后期的蛋白質組學響應
蛋白表達聚類分析顯示，參考細胞與熱應激細胞在 HFB 中呈現顯著差異，且隨滯后期進程分為早期 / 晚期階段。熱應激細胞特有差異蛋白 106 種（共表達 15 種），參考細胞特有 39 種，54 種核心蛋白介導基礎適應響應。
共同適應機制
? 能量重分配：下調鞭毛組裝（FlhA、MotB）及趨化蛋白，減少運動耗能（營養充足環境非必需）。
? 抗性與穩態：上調抗生素外排泵（MepA）應對 HFB 選擇性壓力，激活鋅 / 鎂轉運系統（ZurR 調控 Lmo1671、鎂 ATP 酶 Lmo2689）維持離子平衡。
? 復蘇啟動：細胞壁結合復蘇因子 Lmo2522 顯著上調（2 h 時 log? FC=9.9），其編碼基因 30 min 轉錄水平同步升高，促進休眠細胞激活。
熱應激特化修復
額外激活 106 種蛋白，聚焦多維度損傷修復：
? 蛋白 / DNA 修復：熱激蛋白 ClpB/E 處理錯誤折疊蛋白，DNA 螺旋酶（Lmo0157）與 UvrABC 核酸酶系統修復熱誘導損傷。
? 細胞壁重構：肽聚糖乙酰轉移酶 OatA（增強抗溶菌酶能力）、溶蛋白 Lmo2505 上調，恢復細胞壁完整性。
? 氧化應激應對：厭氧還原酶 Lmo0279（FC=14）、硫氧還蛋白 Lmo2152 高表達，維持氧化還原穩態。
關鍵發現
轉錄組顯示核糖體蛋白（30S/50S 亞基）5 min 內快速上調（log? FC>3.5），預示翻譯機器早期合成；未注釋差異蛋白（log? FC≥4）功能待深入解析。綜上，細菌通過 “降耗能 - 強抗性 - 促復蘇” 級聯反應適應環境，熱應激細胞需額外啟動多維度修復通路。
3.3 熱應激細胞的特異性修復響應
熱應激細胞在 HFB 中特異性上調 106 種蛋白（p<0.05，|log?FC|>2），富集于四大損傷修復通路：
1. 蛋白與 DNA 損傷修復
? 熱休克蛋白 ClpB（log?FC=4.1）和 ClpE（log?FC=3.8）通過 ATP 依賴機制復性 / 降解錯誤折疊蛋白。
? DNA 螺旋酶 Lmo0157（log?FC=3.2）解旋受損 DNA，UvrABC 核酸酶系統（log?FC 2.3–2.8）修復熱誘導嘧啶二聚體，優先恢復遺傳與蛋白穩態。
2. 細胞壁結構重構
? 肽聚糖乙酰轉移酶 OatA（log?FC=3.6）通過乙酰化增強抗溶菌酶能力，溶蛋白 Lmo2505（log?FC=3.1）參與肽聚糖交聯重構，修復熱應激導致的膜脂過氧化損傷。
3. 氧化應激與滲透壓調控
? 厭氧還原酶 Lmo0279（log?FC=14.0）清除 ROS，硫氧還蛋白 Lmo2152（log?FC=3.3）修復二硫鍵，維持氧化還原穩態。
? 鹽應激蛋白 Lmo0529（log?FC=2.6）通過調控相容性溶質，應對 HFB 高鹽環境下的滲透壓失衡。
4. 鋅離子穩態強化
鋅轉運調控因子 ZurR（log?FC=2.9）激活 ABC 轉運蛋白 Lmo1671（log?FC=3.4），維持鋅離子平衡，輔助超氧化物歧化酶等抗氧化酶功能，減輕氧化損傷。
功能網絡整合
STRING 分析顯示，ClpB（蛋白復性）、UvrA（DNA 修復）、OatA（細胞壁重構）為核心節點，形成 “蛋白 - DNA - 細胞壁 - 離子穩態” 級聯修復網絡，針對性抵消高溫誘導的多分子損傷，為脫離滯后期奠定基礎。該特化通路體現 “應激歷史 - 損傷類型 - 修復策略” 的特異性適應機制。
3.4 代謝特征與底物利用
HPLC 分析 HFB 富集過程（0–24 h）代謝物動態，揭示以下特征：
1. 碳水化合物利用模式
? 快速消耗：葡萄糖、甘油、蘋果酸在 10–14 h 內耗盡（對應指數期啟動），纖維二糖（初始 10 g/L）24 h 僅降至 0.8 g/L，利用效率低。
? 非優選底物：丙酮酸（2 mM）、琥珀酸（1 mM）濃度無顯著變化，未被優先代謝。
2. 氨基酸代謝特征
HFB 含除半胱氨酸外的必需氨基酸，但僅谷氨酸、亮氨酸、賴氨酸 24 h 降幅約 25%，蘇氨酸積累 40%，其余氨基酸濃度穩定，表明氨基酸非主要能量來源。
3. 代謝途徑解析
? 厭氧主導：乳酸（5.5 mM）、甲酸（4 mM）積累，顯示糖酵解驅動的混合酸發酵為主要途徑，盡管有氧培養，細胞色素氧化酶相關蛋白未上調。
? 應激適應：氧化應激蛋白（如硫氧還蛋白）上調與代謝產物協同，推測通過調節胞內 pH 應對 HFB 高鹽及抗生素壓力。
與蛋白組學關聯
代謝數據印證 “能量重分配” 策略：葡萄糖等碳水化合物優先通過糖酵解供能，滿足核糖體早期合成及熱應激細胞修復通路的 ATP 需求；氨基酸利用有限，與轉氨酶等代謝酶無顯著差異表達一致。
結論：滯后期以 “葡萄糖依賴型混合酸發酵” 為主，能量優先用于損傷修復而非生物量積累，解釋了低接種量時因碳源有限導致滯后期延長的機制。
3.5 鋅離子對滯后期的影響
基于蛋白組學中鋅穩態蛋白（如 ZurR 調控的 Lmo1671）上調，研究評估金屬離子對富集動力學的影響：
? 鋅的作用：10 μM Zn2?使熱應激細胞達到 OD???=0.1 的時間（TTR）從 22.8±0.3 h 縮短至 21.8±0.6 h（p=0.03），參考細胞 TTR 從 20.7±0.5 h 微降至 20.1±0.8 h（僅熱應激組顯著）。
? 其他金屬效應：鈷（≥5 μM）和銅（≥10 μM）抑制生長，20 μM 鈷使熱應激細胞 TTR 延長至 26.5±1.2 h（+16%），鎂/錳無顯著影響。
? 機制與意義：鋅未改變對數期生長速率（μ=0.85 vs 0.83 h?1），提示僅促進滯后期復蘇。其效應幅度（<1 h）遠小于接種量差異（如 2 vs 7.5 log CFU/ml 相差 6.3 h），無實際檢測優化價值。
綜上，鋅離子通過強化鋅穩態微弱促進熱應激細胞復蘇（統計學顯著，生物學效應有限），非關鍵限速因素。
3.6 spent培養基補充對滯后期的影響
基于蛋白組學中復蘇促進因子（RPF，如 Lmo2522）的高表達，研究測試了含 RPF 的spent HFB（富集培養后的無菌上清液）對滯后期的影響：
? 實驗設計：將新鮮 HFB 與spent HFB 按 10%、25% 混合，接種低濃度參考細胞（2 log CFU/ml）和熱應激細胞（2.5 log CFU/ml），利用全自動生長曲線分析儀（Bioscreen C）監測 OD???變化，通過 Baranyi 模型擬合生長動力學。
? 關鍵結果：
熱應激細胞：25% spent HFB 使滯后期從 9.4±0.1 h 縮短至 8.2±0.5 h（p=0.04），但置信區間重疊，最終濃度與新鮮 HFB 一致（7.5 log CFU/ml）。
? 參考細胞：10%/25% spent HFB 未改變其短滯后期（2.3 h vs 對照 2.4 h，p>0.05）。
極限模擬：極低菌量（1 cell/250 ml）富集時，spent HFB 僅將達 2 log CFU/ml 時間從 30.5 h 微降至 29.5 h（無生物學意義）。
? 機制與結論：spent HFB 中 RPF 可能通過降解細胞壁碎片促進復蘇，但 HFB 營養充足（100% 廢 HFB 仍支持相同生長），補充策略因效應微弱（<1.5 h 縮短）和操作復雜，無實際優化價值。
綜上，本研究通過蛋白組學與功能驗證結合，揭示復蘇促進因子的胞外作用在應激細胞適應中具有潛在功能，但其實際應用價值受限于富集體系的營養平衡及應激損傷程度。
05
總結
本研究揭示單核細胞增生李斯特菌滯后期的適應性響應機制，添加鋅離子和補充spent HFB 對滯后期影響微弱。縮短應激損傷細胞滯后期對降低假陰性結果重要，HFB 富集體系優化應聚焦其他策略以實現受損細胞高效復蘇，為提升檢測方法靈敏度和可靠性提供新路徑。
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